Melina hat es schwer: Ihr kleiner Bruder starb durch plötzlichen Säuglingstod, ihre Mutter leidet seitdem unter tiefen Depressionen und ist kaum noch ansprechbar, ihr Vater ist mit der Situation total überfordert, und nun steht auch noch ihr erster Schultag im Gymnasium an. Und gleich verläuft alles schlecht: Sie muss alleine frühstücken, das Nachbarmädchen ignoriert sie auf dem Weg zur Schule und ein Schüler macht sich schon in der ersten Unterrichtsstunde über sie lustig.
Nur gut, dass es Pippa gibt! Sie ist ein Playmobil-Mädchen, das während einer albtraumartig verlaufenden Nacht zum Leben erweckt wurde und nun die beste Freundin von Melina ist. Sie kann sich bewegen und natürlich auch sprechen. Pippa hat ihre eigene Meinung und ist oft die „Stimme der Vernunft“, sodass es auch zu Konflikten zwischen ihr und Melina kommt.
Die Probleme in Familie und Gymnasium nehmen noch zu, und so flüchtet Melina mit Pippa immer wieder auf den Friedhof, wo sich das Grab ihres Bruders befindet. Dann stellt sie fest, dass sie mit ihrer besonderen Gabe auch einen Marmorengel zum Leben erwecken kann, der auf einem Grabstein sitzt. Melina nennt ihn Will. Zunächst muss sie ihm das Gehen und Sprechen beibringen. Wenn sie den Friedhof verlässt, verwandelt sie ihn wieder zurück in Stein. Aber irgendwann will der Marmorengel nicht mehr auf dem Friedhof bleiben. Melina kommt in Bedrängnis und gibt schließlich nach. Langsam beginnt sie Will auf die Welt außerhalb vorzubereiten.
Neben Will und Pippa scheint Melina nun auch eine Normalfreundin gefunden zu haben: Jessie, ein Mädchen aus ihrer Klasse. Da sie niemandem von ihren Fähigkeiten erzählen möchte, gibt Melina Will als ihren Cousin aus, was jedoch zu weiteren Fragen und Problemen führt. Und auch Melina selbst verändert sich, sie nutzt es aus, einen übermenschlichen starken Freund wie Will zu haben. Sie kann sich endlich mit ihm gegen Maik aus ihrer Klasse wehren. Schließlich ist ihr Will ja hörig und was soll es schaden, ihn um Hilfe zu bitten? Aber nachdem Will feststellt, wie er Maik und seinem kleinen Bruder Angst eingejagt und Maik sogar verletzt hat, ist Will nicht mehr sicher, das Richtige getan zu haben. Er entfernt sich von Melina und freundet sich mit Jessie an.
Auf den ersten Blick ist „Melina und das Geheimnis aus Stein“ vor allem eine Freunschaftsgeschichte zwischen unterschiedlichen Charakteren, die Geschichte um ein einsames Mädchen, das sich einen Freund erschafft, weil es im echten Leben einfach nicht klappen will, Freundschaften zu schließen. Es geht um die Frage „Was ist Freundschaft?“ und „Kann man diese erzwingen?“, doch daneben ist dieses Buch noch so viel gehaltvoller, als es zunächst scheinen mag: Zunächst geht es um die Ausgangssituation, die Trauerbewältigung Melinas und ihrer Eltern, den unterschiedlichen Umgang verschiedener Menschen mit dem Tod und dem Verlust eines Familienmitgliedes. Melina sieht sich zusätzlich mit Einsamkeit und der Vernachlässigung durch ihre Eltern konfrontiert; vor allem ihre Mutter ist so in ihrer Trauer gefangen, dass sie den Blick für ihr verbleibendes, lebendes Kind und dessen Bedürfnisse verloren hat.